Suatu hari, anak penyendiri yang gila akan Sains, Takai Shikito, mencium aroma yang sangat memikat dari teman sekelasnya yang selalu ia kagumi, Nishio Kaito. Hari itu pula, saat kelas Olahraga, Nishio tiba-tiba terkena demam dan lemas. Shikito mencoba membawanya ke UKS, namun entah bagaimana keduanya malah berakhir di gudang peralatan bekas. Ini adalah kisah tentang Alpha dan Omega pertama umat manusia, awal dari dunia insting hewan, Omegaverse!