Dentro de la trama de Junjou Romantica se nos presentan tres parejas: Romantica, Egoist y Terrorist. La primera pareja, la Romantica, es la pareja principal o protagonista y trata de la relación entre el famoso novelista (también escritor de Boys Love) Usami Akihiko y el hermano menor de Takahashi Takahiro, su gran amigo de preparatoria y ex amor no correspondido, Takahashi Misaki. Luego de varios altibajos se convierten de profesor-alumno a amantes. La segunda pareja, egoist se compone de Hiroki, amigo de infancia de Akihiko y amor no correspondido, y Nowaki, un huérfano que se enamoro a primera vista de Hiroki. La tercera, es compuesta por un terrorista, Shinobu, el hermano de la ex esposa de Miyagi y según el, su destino. No lo dejara en paz hasta que su destino de estar juntos se realice.