A Tokyo, un groupe de scientifiques éclairés expérimente une matière inconnue appelée Matière Exotique (XM), mais une panne survient et leur expérience devient incontrôlable, par conséquent "deuxième nuit d'épiphanie" (la première a été développée aux environs du CERN par un autre groupe de scientifiques et apparenté appartenant à la NIA). Après ce fait apparaît une fille qui prétend être de la résistance, et va combattre les maux qui ont apporté ces expériences à à tous les gens et aux personnes impliquées dans l'expérience. Que va-t-il se passer dans le futur? Comment cela affectera-t-il la méga anomalie de Tokyo pendant Aegis Nova? Rejoignez-nous et découvrez.